以北京為例，其設(shè)計的水資源聯(lián)合調(diào)度原則是優(yōu)先使用調(diào)水，適當(dāng)補充當(dāng)?shù)氐乇硭刂崎_采地下水。但從供水成本分析，用戶希望的用水優(yōu)先順序與水資源調(diào)度原則恰恰相反，如果沒有政府的大力支持，南水將很難進(jìn)入當(dāng)?shù)厮袌?，也就無法把地下水和生態(tài)水資源置換出來。

　　2014年5月1日，北京開始實施居民新水價。居民水價每噸由4元漲到5元，并按用水量實行階梯水價。非居民用水統(tǒng)一調(diào)整到8.15元，分兩步實施。自5月1日起，水價調(diào)整為7.15元，自明年1月1日起，調(diào)整為8.15元。特殊行業(yè)用水價格大幅度提高，每立方米達(dá)160元。

　　調(diào)價之后，北京最新的水資源費為1.57元/立方米。而根據(jù)多年前《南水北調(diào)中線一期工程項目可行性研究總報告》測算的北京段口門水價，則在2.023元－2.324元/立方米。

　　對于自來水廠來說，按照現(xiàn)行的會計準(zhǔn)則，愿意接收調(diào)水工程水源的前提條件是口門水價不高于當(dāng)?shù)厮Y源費，否則會直接影響水廠供水利潤。目前的差額，顯然不利于提高自來水廠的積極性。

　　面對這種情況，山東等地有相關(guān)官員建議，因南水北調(diào)作為國家戰(zhàn)略性及公益性工程，所以基本水價應(yīng)由中央、省、地方共同承擔(dān)，終端用戶只承擔(dān)計量水價的費用。此外，在調(diào)水緩沖期內(nèi)，應(yīng)實行水價優(yōu)惠措施。

　　黃河則認(rèn)為，南水北調(diào)的調(diào)水成本遠(yuǎn)高于受水區(qū)開發(fā)當(dāng)?shù)厮Y源的成本，如果水資源費在水價中比重太低，甚至只體現(xiàn)工程價，講究“實惠”的使用者，勢必繼續(xù)掠奪式開發(fā)當(dāng)?shù)厮?，而不用北調(diào)的江水。

　　就可能出現(xiàn)的水價倒掛，《條例》提出了兩條原則性解決方案：首先，深化南水北調(diào)受水區(qū)水價改革，調(diào)整水價。按照水價構(gòu)成理論全面征收水資源費、供水工程成本、環(huán)境成本。運用價格這個經(jīng)濟杠桿，把水價提高到或超過外調(diào)水的水平。

　　其次，推行區(qū)域綜合水價。將成本較高的外調(diào)水納入統(tǒng)一核算，按照一種合理的水價標(biāo)準(zhǔn)，實行全市自來水的同價和各自來水用戶取用各種水源的同質(zhì)同價，可以相對降低最終水價的成本。