1986年10月25日，撫順縣第一工業局、撫順縣化肥廠與東北制藥總廠簽訂了《經濟技術聯合協議書》，1986年11月27日又簽訂補充協議書；

1988年11月15日，東北制藥總廠與撫順縣第一工業局、撫順縣財政局簽署了《關于承包經營撫順縣化肥廠協議書》，東北制藥總廠作為承包人，撫順縣第一工業局、撫順縣財政局作為發包人，協議約定東北制藥總廠承包經營撫順縣化肥廠20年，承包期從1988年1月1日起至2007年12月31日止；

2003年2月，在《關于承包經營撫順縣化肥廠協議書》未到期的情況下，撫順縣經濟貿易局將撫順縣化肥廠的產權轉讓給億華實業，并簽訂了《撫順縣化肥廠產權出售協議》。

2004年2月，億華實業對東北制藥總廠提起訴訟，要求東北制藥總廠償還承包撫順化肥廠期間造成的經營虧損。

上述東北制藥總廠為東北制藥1993年設立之初的三大資產之一。1993年，東北制藥集團有限責任公司以其下屬的東北制藥總廠、沈陽第一制藥廠和東北制藥集團公司供銷公司的生產經營性資產，以及三家企業所占用土地的土地使用權，折價入股東北制藥。

億華實業于2004年提起訴訟后，2005年8月16日，遼寧省高院駁回其訴訟請求，億華實業不服一審判決向最高人民法院提起上訴；

2007年9月20日，最高人民法院撤銷一審判決發回遼寧省高級人民法院重新審理；

2008年2月22日，遼寧省高院以“因其他衍生訴訟的結果將影響案件審理”為由，裁定案件中止審理。

公告稱，今年3月，由于其他衍生訴訟案件均已結案，案件恢復審理。11月20日，東北制藥從遼寧省高院領取了恢復審理的訴訟材料，開庭時間尚未確定。

實控人從沈陽市國資委變更為“方大系”掌舵人方威

7月19日，東北制藥披露公告稱，公司控股股東變更為遼寧方大集團實業有限公司（下稱“遼寧方大”），實際控制人變更為遼寧方大董事局主席方威。方威同時還是上市公司方大炭素、方大特鋼的實際控制人。

今年5月9日，東北制藥完成以8.96元/股發行9493萬股的非公開發行，共募集資金8.5億元，其中，遼寧方大斥資6.73億元認購7510萬股，認購完成后，遼寧方大合計持股東北制藥13.20%。

隨后，遼寧方大又分別于5月28日-6月1日、6月8日-6月12日、6月25日-7月2日期間，通過二級市場多次增持東北制藥股份。截至2018年三季度報，遼寧方大合計持有東北制藥1.48億股，持股比例為26.02%，躍升為東北制藥第一大股東。

原控股股東東北制藥集團有限責任公司和第二大股東中國華融資產管理股份有限公司，分別持股17.54%和6.03%，退居東北制藥第二大和第三大股東。