隨后幾年，他先后獲得湖泊生態學、微生物學兩個博士學位。10多年來發表80多篇學術論文，被同行引用2800余次，應邀在國內外做了10多場學術報告，并獲得了國家杰出青年基金的支持，幫助地湖所的湖泊微生物生態學研究水平與國際同行保持一致。

野外科研一待就是一兩周甚至兩個月，通過跟蹤調查藍藻水華，了解其發生的原因、機制

大規模的取樣調查，是開展湖泊微生物資源的保護與可持續利用的基礎。西藏湖泊眾多，吳慶龍前后去過7次。

白雪皚皚的唐古拉山下，蔚藍色的湖泊倒映著藍天白云雪山，在陽光下閃爍著璀璨光芒。2005年夏天，吳慶龍來這里考察。“當時在海拔5200米左右的一個山口，汽車開不進去，但考慮到這是一個冰川補給的高原低溫湖泊，有不可替代的價值，也就顧不得徒步的危險了。”吳慶龍和一位同事拎著取樣器就出發了。然而，由于大氣通透度高，看似就在眼前的湖泊走了一個半小時還沒到達，很快便體力不支。在取樣返回的路上，吳慶龍和同事每走五到十步就眼前一黑，需要停下來大喘幾口氣，幾斤重的取樣器和兩桶水更像有千斤重。

辛勤付出換來了豐碩成果。

他通過研究發現，西藏湖泊的浮游細菌對紫外輻射具有耐受性，有著獨特的微生物區系和科研價值，為了解湖泊微生物形成機制及規律提供了重要的科學參考；通過對藍藻水華的跟蹤調查，了解到其發生的原因、機制，揭示湖泊藍藻水華暴發對湖泊生態系統以及人體健康的影響，為湖泊藍藻水華災害的控制、湖泊生態恢復打下堅實基礎。

從上世紀90年代初，吳慶龍便開始關注太湖藍藻，有一次他在湖心取樣，船底突然開裂灌水。吳慶龍拿起取樣器不斷往外舀水，近一個小時才被路過的大船救起……在野外科研，他一待就是一兩周甚至一兩個月，每日在水面上工作數小時，冬天饑寒交迫、夏天酷暑難耐，這些都如同家常便飯。

2008年到2012年間，吳慶龍擔任國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）“湖泊藍藻水華生態災害形成機理及防治的基礎研究”項目首席科學家。經過長期研究，他認為，治理太湖藍藻，當前的關鍵任務，一是嚴格控制入湖水的磷排放，二是建立預警系統，避免出現藍藻水華暴發導致的次生環境災害。據此，他提出的相應建議被各級政府所采納，為藍藻水華防治提供了科學依據。

提出利用植物和微生物的相互作用凈化水質，扭轉撫仙湖水質惡化趨勢

“作為生態科學家，最終目標還是要服務于湖泊保護。”吳慶龍說。

在我國最大的深水湖——云南的高原湖泊撫仙湖，自2003年開始，吳慶龍就參與到保護撫仙湖的科研中。2014年以來，他不僅在中科院支持下建設了撫仙湖高原深水湖泊研究站，而且曾在云南玉溪市撫仙湖管理局任掛職副局長和黨組成員，致力于撫仙湖的生態環境保護。

“撫仙湖保護的核心工作之一，就是構建環撫仙湖濕地生態系統，通過植物和微生物的相互作用，利用濕地凈化入湖的有機物質、氮、磷等。濕地微生物是降解有機物和脫氮的主要驅動者。”吳慶龍介紹，這一方案使撫仙湖一度出現惡化趨勢的水質發生轉變，經過十多年努力，撫仙湖水質總體保持在地表Ⅰ類水標準。（姚雪青）