第一次峰會——上海峰會

2001年6月15日，上合組織成員國元首理事會首次會議在中國上海舉行。會上，六國元首簽署了《上海合作組織成立宣言》，宣告上合組織正式成立。

第二次峰會——圣彼得堡峰會

2002年6月7日，元首理事會第二次會議在俄羅斯圣彼得堡舉行。六國元首簽署《上海合作組織憲章》《關于地區反恐怖機構的協定》《上海合作組織成員國元首宣言》等三個重要文件，為上合組織的機制化和法律化建設奠定了基礎。

第三次峰會——莫斯科峰會

2003年5月29日，元首理事會第三次會議在莫斯科舉行。會上，六國元首討論了在新形勢下如何抓住機遇、應對挑戰、加強協調、擴大合作、促進地區和平與發展等重大問題，并達成廣泛共識。六國元首還簽署了《上海合作組織成員國元首宣言》。

第四次峰會——塔什干峰會

2004年6月17日，元首理事會第四次會議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。六國元首正式啟動上海合作組織地區反恐怖機構，簽署、批準了《塔什干宣言》、反毒合作協議等多份重要文件，并決定采取新舉措，推進安全和經濟方面的務實合作，建立成員國外交部間協作機制等。塔什干峰會標志著成立三年的上合組織正式結束初創階段，進入了全面發展的新時期。會上，蒙古國被吸收為上合組織觀察員。

第五次峰會——阿斯塔納峰會

2005年7月5日，元首理事會第五次會議在哈薩克斯坦首都阿斯塔納舉行。六國元首簽署了《上海合作組織成員國元首宣言》等重要文件，并決定給予印度、伊朗、巴基斯坦觀察員地位。

第六次峰會——上海峰會

2006年6月15日，元首理事會第六次會議在上海舉行。六國元首圍繞弘揚“上海精神”、深化務實合作、促進和平發展的主題，提出了上合組織發展的遠景規劃，簽署了《上海合作組織五周年宣言》等重要文件，為上合組織的下一步發展確定了方向和任務。

第七次峰會——比什凱克峰會

2007年8月16日，元首理事會第七次會議在吉爾吉斯斯坦首都比什凱克舉行。六國元首簽署了《上海合作組織成員國長期睦鄰友好合作條約》，把成員國人民“世代友好、永保和平”的思想以法律形式確定下來。

第八次峰會——杜尚別峰會

2008年8月28日，元首理事會第八次會議在塔吉克斯坦首都杜尚別舉行。六國元首就上海合作組織發展和合作重點方向、相互關系準則、對外交往基本立場等達成新的重要共識。會議通過了《上海合作組織成員國元首杜尚別宣言》《上海合作組織對話伙伴條例》等重要文件。

第九次峰會——葉卡捷琳堡峰會

2009年6月15日至16日，元首理事會第九次會議在俄羅斯葉卡捷琳堡舉行。六國元首簽署了《葉卡捷琳堡宣言》和《反恐怖主義公約》等重要文件。會議決定給予白俄羅斯和斯里蘭卡對話伙伴地位。

第十次峰會——塔什干峰會

2010年6月11日，元首理事會第十次會議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。會議發表了《上海合作組織成員國元首理事會第十次會議宣言》，批準了《上海合作組織接收新成員條例》和《上海合作組織程序規則》。

第十一次峰會——阿斯塔納峰會

2011年6月15日，元首理事會第十一次會議在哈薩克斯坦首都阿斯塔納舉行。六國元首圍繞回顧過去、展望未來、凝聚共識、鞏固團結的主題，總結了過去的成就和發展經驗，并在深入分析國際和地區形勢發展的基礎上簽署《上海合作組織十周年阿斯塔納宣言》，對上合組織未來10年的發展方向作出戰略規劃。

第十二次峰會——北京峰會

2012年6月6日至7日，元首理事會第十二次會議在北京舉行。與會領導人就深化成員國友好合作以及重大國際和地區問題深入交換意見，并對上海合作組織未來發展作出規劃，達成新的重要共識。成員國元首簽署了《上合組織成員國元首關于構建持久和平、共同繁榮地區的宣言》等10個文件。上合組織成員國元首一致同意接收阿富汗為上合組織觀察員國、土耳其為上合組織對話伙伴國。

第十三次峰會——比什凱克峰會

2013年9月13日，元首理事會第十三次會議在吉爾吉斯斯坦比什凱克舉行。與會元首共同簽署并發表了《上海合作組織成員國元首比什凱克宣言》。峰會批準《〈上海合作組織成員國長期睦鄰友好合作條約〉實施綱要(2013-2017)》。國家主席習近平發表題為《弘揚“上海精神”，促進共同發展》的重要講話。中方在峰會上宣布已成立上合組織睦鄰友好合作委員會。

第十四次峰會——杜尚別峰會

2014年9月12日，元首理事會第十四次會議在塔吉克斯坦杜尚別舉行。與會各方圍繞進一步完善上海合作組織工作、發展上海合作組織域內長期睦鄰友好關系、維護地區安全、加強務實合作以及當前重大國際和地區問題交換意見。國家主席習近平發表《凝心聚力、精誠協作，推動上海合作組織再上新臺階》的講話，提出4點主張。成員國元首簽署并發表了《杜尚別宣言》，簽署了《上海合作組織成員國政府間國際道路運輸便利化協定》，批準《給予上海合作組織成員國地位程序》和《關于申請國加入上海合作組織義務的備忘錄范本》修訂案。

第十五次峰會——烏法峰會

2015年7月10日，元首理事會第十五次會議在俄羅斯烏法舉行。會議的主題是規劃組織未來發展，就本組織發展及國際和地區重要問題協調立場。國家主席習近平發表題為《團結互助、共迎挑戰，推動上海合作組織實現新跨越》的重要講話。成員國元首共同簽署并發表了《烏法宣言》，批準包括《上合組織至2025年發展戰略》在內的一系列文件，簽署《上合組織成員國邊防合作協定》，通過關于啟動接收印度、巴基斯坦加入上合組織程序等決議，發表成員國元首關于世界反法西斯戰爭勝利70周年的聲明、關于應對毒品問題的聲明以及會議《新聞公報》。

第十六次峰會——塔什干峰會

2016年6月24日，元首理事會第十六次會議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。國家主席習近平發表題為《弘揚“上海精神”、鞏固團結互信，全面深化上海合作組織合作》的重要講話。成員國元首簽署《上海合作組織成立十五周年塔什干宣言》以及關于批準《〈上海合作組織至2025年發展戰略〉2016—2020年落實行動計劃》、批準簽署《關于印度共和國加入上海合作組織義務的備忘錄》、批準簽署《關于巴基斯坦伊斯蘭共和國加入上海合作組織義務的備忘錄》、批準《上海合作組織秘書長關于上海合作組織過去一年工作報告》、批準《上海合作組織地區反恐怖機構理事會關于地區反恐機構2015年工作報告》等決議，見證了《關于印度共和國加入上海合作組織義務的備忘錄》和《關于巴基斯坦伊斯蘭共和國加入上海合作組織義務的備忘錄》等文件的簽署。

第十七次峰會——阿斯塔納峰會

2017年6月9日，元首理事會第十七次會議在哈薩克斯坦首都阿斯塔納舉行。國家主席習近平發表題為《團結協作、開放包容，建設安全穩定、發展繁榮的共同家園》的重要講話。與會領導人分析了上海合作組織發展現狀、任務和前景，就重大國際和地區問題交換意見，達成廣泛共識。會議正式給予印度、巴基斯坦上海合作組織成員國地位。會議決定，上海合作組織成員國元首理事會下次會議2018年在中國舉行，下任主席國由中國擔任。成員國元首簽署了《上海合作組織成員國元首阿斯塔納宣言》、《上海合作組織反極端主義公約》、《關于完成接收印度共和國加入上海合作組織程序并給予其上海合作組織成員國地位的決議》、《關于完成接收巴基斯坦伊斯蘭共和國加入上海合作組織程序并給予其上海合作組織成員國地位的決議》、《關于給予印度共和國和巴基斯坦伊斯蘭共和國上海合作組織成員國地位背景下上海合作組織成員國會費比例的決議》、《關于〈上海合作組織秘書長關于過去一年上海合作組織工作的報告〉的決議》、《關于〈上海合作組織地區反恐怖機構理事會關于地區反恐怖機構2016年工作的報告〉的決議》和《關于〈上海合作組織成員國常駐地區反恐怖機構代表條例〉的決議》等。