近年來，中央和地方積極探索一體化機制，促使長江流域生態環境保護發生了轉折性變化，但長江生態環境保護的結構性和趨勢性壓力尚未根本緩解，部分區域、領域的生態環境問題和治理短板依然突出。為此，建議：

推進流域一體化協同共生發展。深入實施《中華人民共和國長江保護法》，將法律執行、流域綜合管理、部門與地方責權調整相結合，并將“河湖治理”權責分配法治化。遵循流域系統的整體性，統籌治理山、水、林、河等，實現人口、資源與環境協調發展。提高自然—經濟—社會的協同性。

加強重點生態保護區治理修復。深入實施長江全域綠化行動，加強長江防護林體系建設。加大重要生態安全屏障的保護力度，增強水源涵養和水土保持等生態功能。劃定生物多樣性保護優先區域，提升長江濕地生態系統穩定性和生態服務功能。加大生態和生活岸線保護力度，將岸線開發利用與治理保護有機結合。整合港口資源，合理減少港口空間。

創新上下游生態補償機制。增加區域均衡性轉移支付分配的生態權重，促進區域基本公共服務均衡化發展，實施長江經濟帶生態保護修復獎勵政策，引導社會資本參與生態建設。建立流域水流科學調度機制，試點水權交易，開展碳排放權、排污權、取水權、用能權等交易。探索流域綠色福利供給的社會成本共擔機制，逐步擴大市場機制在生態產品生產和環境污染治理領域作用。

完善水環境監測監管技術。構建跨區域一體化環境風險實時監測預警系統。提升水環境監測感知與生態環境數據標準化水平，完善流域生態環境監測數據的交互共享、動態更新、統籌整合機制。提升水環境風險模擬與污染溯源能力，提高生態環境問題自動快速識別能力，構建長江流域水環境質量模擬預測與決策支持系統。