土地管理法修正案（草案）二審稿第五條，把原來的“國務院土地行政主管部門統一負責全國土地的管理和監督工作”，修改為“國務院自然資源主管部門統一負責全國土地的管理和監督工作”。原來的第十一、第十二條合并作為第十二條，修改為“土地所有權和土地承包經營權、宅基地使用權、建設用地使用權等的登記，依照有關不動產登記的法律、行政法規執行”，不再一一列舉林地、草原、水面、灘涂等等，同時明確提出統一的不動產登記，體現了土地資源的統一管理，體現了山水林田湖草是一個生命共同體的生態文明理念，以立法形式體現了我國自然資源統一管理制度的不斷完善。

值得注意的是，土地管理法修正案（草案）二審稿增加了第六條“國務院授權的機構對省、自治區、直轄市人民政府以及國務院確定的城市人民政府土地利用和土地管理情況進行督察”，是擬以立法形式確認國家自然資源督察機構多年來的成功實踐。