慈云寺遺址，始建于唐代。2013年9月13日至12月6日，重慶市文遺院對該遺址實施了搶救性考古發(fā)掘，完成發(fā)掘面積1800平方米，揭露出寺廟主體及明清時期附屬建筑遺跡33處，包括殿基址4處、房址2處、院1處、排水溝8條、道路4條、焚燒坑6個、佛臺7個、佛龕1處。出土銅、鐵、陶、瓷、石等各類明、清時期遺物百余件，基本弄清了寺廟主體區(qū)域的布局與結(jié)構(gòu)。

此外，重慶文遺院在慈云寺旁還發(fā)現(xiàn)了重慶最大的僧人墓葬群，計有300余座，以明代僧人墓葬為主。記者了解到，這些僧人墓盡管沒有隨葬品，卻依然大多被古往今來的盜墓賊“光顧”過。而且，當(dāng)時的僧人并非全部采取火葬，有的依然會以土葬的方式下葬。

九龍坡區(qū)文管所相關(guān)負(fù)責(zé)人介紹說，其實現(xiàn)在可見的慈云寺遺址，僅是昔年這座千年古剎的一部分，有相當(dāng)部分和山體結(jié)為一體，因為種種條件無法發(fā)掘，一直讓考古專家感興趣的慈云寺唐代遺址有可能就在其中。

由于慈云寺當(dāng)年曾經(jīng)遭遇嚴(yán)重破壞，所以有不少文物碑刻，都曾散落在溪水，山間。現(xiàn)任華巖寺方丈道堅，就曾于2012年年在慈云寺旁的溪水中，找到一塊石碑，記載明末兵部尚書、文淵閣大學(xué)士王應(yīng)熊游歷慈云寺的經(jīng)歷——王應(yīng)熊就是重慶渝北人，官至禮部尚書兼東閣大學(xué)士、南明兵部尚書兼文淵閣大學(xué)士，可惜無論在崇禎皇帝手下，還是在南明永歷帝手下，都無法逆轉(zhuǎn)明朝敗亡悲劇。