本案是臺前“高檢署查黑中心”當年偵辦首長特別費案時，接獲綠營告發分案，之后再移轉北檢偵辦，北檢等到馬英九去年卸任臺灣地區領導人后才重新分案偵辦，總計全案歷經10年后才偵結。目前馬英九遭綠營告發及檢舉不法案，北檢仍有7案偵辦中。

北檢指出，馬英九被控1999年以臺北市長特別費，不實報支、核銷愛犬“馬小九”動檢所留置費、健康檢查、住院醫療及其他代購品費用共9900元，另馬英九遭告發從1998年12月到2003年12月為止，每月用領據請領特別費17萬元，匯進妻子周美青賬戶，涉嫌貪污及偽造文書罪。

其中，馬英九被告發將特別費匯入妻子賬戶部分，因他所涉特別費案，早已在2008年獲“最高法院”判決無罪確定，因告發事實與判決事實屬同一案件，為前案確定判決效力所及，且特別費案亦經“立法院”修正“會計法”，廢止其刑罰，依法不得再行追訴。

另“馬小九”部分，北檢認為，是由特別費核銷費用，同樣因特別費案已經“立法院”“修法”除罪化，依法不得再行追訴。因此對馬英九做出不起訴處分。