為此，日本防衛省防衛監察總部將對是否存在有組織隱瞞行為等高層人員干預情況進行重點調查。

據報道，針對南蘇丹發生大規模武力沖突時的維和部隊的工作日志，日本防衛省稱，陸上自衛隊已做廢棄處理，但其后在其他部門又被發現。后來證實工作日志一直保存在陸上自衛隊的司令部。

對此，負責調動陸海空各自衛隊的統合幕僚監部的防衛官員表示，今年1月下旬，上級傳達了不將此問題對外公開的方針，稱“事到如今說不出口”等。

報道還顯示，此外，上月相關日本國會議員要求陸上自衛隊提出工作日志的計算機使用記錄后，陸上自衛隊隨即刪除了使用記錄。據這些官員透露，當時有幾臺計算機被搬出陸上自衛隊司令部，其中的相關數據等被刪除。

其中一位官員還表示，刪除數據是為了不讓外界發現工作日志的存在。針對該問題，防衛省將實施以客觀立場展開調查的“特別防衛監察”，以全面查明事情真相。

而指示防衛監察總部開展特別防衛監察的日本防衛相稻田朋美，17日在內閣會議后出席記者會稱，“包括我的文官統治是否起到應有作用在內，受到國民監督，因此將切實查明事實關系。”

此外，在該問題上近期曝出消息稱，日本陸上幕僚長岡部俊哉曾接到過有關事實關系的報告。陸自一度探討過公布，統合幕僚監部的文官官員下達了要求不公布的指示。上述來龍去脈可能將成為調查的焦點，稻田稱“已下達了要求盡快(完成調查)的指示”。

據稻田稱，有關向岡部報告一事，16日晚通過事務次官向其本人確認此事時，岡部稱“不認為存在類似報道所說的事實”。據悉，針對統合幕僚監部文官官員就相關情況詢問的工作尚未實施。

據了解，圍繞公開日報信息的要求，日本防衛省以當地部隊及上級部隊“陸自中央快速反應集團”(CRF)已經銷毀為由，于2016年12月2日決定不予公開。當月26日在統合幕僚監部內發現了電子數據。

稻田在國會等場合稱“在接到要求的階段，陸自內部并無日報。”但在日本防衛省內推進調查后發現陸自內保存到今年1月前后。

日報記錄了當地部隊的活動內容。2月被公開，其中對于當地政府軍和反政府武裝之間的斗爭使用了“戰斗”一詞，發展成日本在野黨追究這一措辭與政府一貫使用的“武力沖突”之間是否有欠整合性的事態。

據悉，特別防衛監察是日本防衛省和自衛隊被懷疑存在重大違規或違反倫理時，由防衛相下令展開調查的制度。調查中將通過向相關對象詢問情況來查明是否存在違規，并向防衛相報告。