提出“美國第一主義”的特朗普一直反對會使日本汽車大量進入美國、減少美國國內就業的TPP。TPP若沒有經濟規模最大的美國的批準就不能生效。日本政府希望在奧巴馬政府任期內批準手續能取得進展，但有關人士認為十分困難，因為“共和黨議員很難在議會投贊成票”。若特朗普的反對態度不改變，12個國家的協議將面臨瓦解的危機。

特朗普曾表示，有意與日本等各國分別締結貿易協定以代替TPP，有可能撤銷奧巴馬政府在TPP中承諾的免除汽車等工業產品關稅的內容。TPP的停滯也可能給與歐盟和亞洲各國的經濟合作磋商投下陰影，安倍政府或不得不重新審視貿易政策。

報道稱，圍繞匯率政策，特朗普將日本看作是 “匯率操縱國”，一直批評日本在引導日元貶值。在如此強硬態度的背景下，9日外匯市場上日元匯率飆升。日本財務省財務官淺川雅嗣在與央行等的會議后表示，“市場上出現了投機動向。若動向可能進一步持續，將采取必要的措施”。

然而美國新政權下，日本若進行市場干預，美方可能采取提高關稅等對抗措施。日本綜合研究所井上肇稱，“如果不應干預的觀點蔓延，日元升值可能加速。” 

當對市場大幅波動下經濟急速下滑的擔憂升溫，日本央行將考慮加碼貨幣寬松，此外政府也可能通過財政刺激措施來支撐經濟。如果接受了特朗普要求的“日方負擔更多的美軍駐留經費”，日本將不得不減少其它經費或增發國債，實現財政重建將更加遙遠。

對日本企業來說，美國是最大的出口對象國，包括投資產生的收益等，2015年的經常收支盈余約為13.3萬億日元(約合人民幣870億元)。雖然也有觀點認為特朗普的積極財政政策將對美國經濟產生正面影響，但如果變成“企業投資萎縮，貿易也縮小”的局面，將對日本的創收能力造成打擊。

日元升值使得進口價格下降，將給日本擺脫通縮潑冷水，還會使出口企業的業績下滑。日本纖維廠家世聯(SEIREN)董事長兼首席執行官(CEO)川田達男稱“可能出現比雷曼危機更嚴重的危機”，某大型物流企業干部也擔憂地認為：“國內外的經濟惡化將無法避免”。