檢方認為，林錫山在擔任秘書長期間主導電腦采購案，涉嫌收取科技公司3950萬元(新臺幣，下同)賄款，泄漏招標底價。臺北地檢署依貪污、洗錢等罪名，起訴林錫山、“立法院”秘書室科長陳亮吟等13人。

偵辦過程中，檢方已繳回不法所得3950萬元。但調查人員發現，林錫山從2012年開始收取回扣，三年內銀行帳戶增加逾2.4億元財產，與其收入明顯不符，且又無法提出合理說明，懷疑林涉及其它罪嫌，已另外立案偵辦。

調查人員還意外發現林錫山曾想捐2000萬元政治獻金給民進黨主席蔡英文。臺北地檢署指出，為此另分他字案調查，近日已秘密傳訊蔡英文，蔡供稱知道此事，但當時已拒收。

檢方表示，查扣的林錫山等人的不法帳冊上也記載“已退回”，調查后認為蔡英文并沒有違反“政治獻金法”，2日將該案簽結。