抗戰期間，國民黨軍統南京區為打擊汪偽政權的核心人物，在南京策劃實施了多起暗殺事件和情報活動。

　　兩次被抓的尚振聲、錢新民

　　1940年春，重慶軍統本部任命邵明賢繼任軍統南京區區長。邵明賢于1939年冬來到上海，利用其與梅思平的關系，到南京任偽首都警察廳督察長，不久調任偽中央黨部總務處處長。邵明賢在南京秘密發展組織，搜集情報，在汪偽中央黨部的官舍中設置秘密電臺，與重慶軍統聯系。不久，邵明賢接到軍統本部的命令，要他在汪偽政府舉行“總理紀念周”或大型宴會時，刺殺汪精衛等偽政府大員，邵明賢也做了積極準備。但由于他的無線電波被汪偽特工監聽察覺，導致他和軍統上海特派員錢新民、南京區副區長尚振聲等人被逮捕。1940年12月17日，邵明賢被槍殺于雨花臺刑場。而軍統特務錢新民答應“悔過自新”，尚振聲則被周佛海擔保獲釋。后來，兩人均被汪偽政府的軍警機關錄用。

　　錢新民和副區長尚振聲等人在被釋放并被汪偽政府錄用后，又秘密和重慶軍統聯系上。錢新民繼續在上海“76號特工總部”潛伏，尚振聲則擔任汪偽駐南京的獨立第七旅（旅長張瑞京）的參謀長，還受過汪精衛的接見。尚振聲在該旅安插了自己過去的部下徐惟銀等十余人，并籌劃在汪精衛來該旅視察時，由槍法精準的徐惟銀開槍將其擊斃。但因重慶軍統總部匯給尚振聲的一筆經費被日方特務機關截獲，導致了汪偽的懷疑。1941年11月8日晚，尚振聲及其部屬徐惟銀等人在南京再次被抓捕，并被移押上海汪偽特工總部。1942年1月8日清晨，尚振聲和另一位潛伏在上海活動的軍統人員平祖仁一道，被槍殺于滬西刑場。在這之前，錢新民也被汪偽槍殺于上海。

　　準備“徒手將汪精衛掐死”的黃逸光

　　1940年夏秋間，軍統派遣特工人員黃逸光、黃征夫來南京謀刺汪精衛。黃逸光原籍廣東赤溪，自幼僑居墨西哥，練就了一副強健體魄，臂粗力大，早在1925年，曾約集友好徒步環游世界，在巴黎的歡迎會上與汪精衛相識，并合影留念。1938年初，他正在非洲旅行時，聽說日軍攻陷南京，于是趕回祖國，在武漢再次見到汪精衛，并經汪精衛介紹到昆明航校受訓，加入中國空軍，成為一名飛行員。汪精衛叛逃并在南京組織偽政府后，急于招攬人才，于是讓其妻弟陳輝祖致密信于黃逸光，利誘其在中國空軍中組織“和平運動”，叛逃至南京。黃逸光不為所動，并將此事報告上級。重慶軍統感到這是打入南京、謀刺汪精衛的好機會，就吸收黃加入軍統組織，稍作培訓后，就派他前往南京實施暗殺，并派黃征夫隨行協助。黃逸光來到南京后，憑著與汪精衛的舊日關系，被偽政府委以偽教育部專員及偽中央宣傳部編審等職，由于與汪精衛的接觸機會不多，因而一時難以下手。不久，偽特工總部從被捕的錢新民材料中，獲悉關于黃逸光與黃征夫的真實情況，就迅速報告了汪精衛。汪精衛惱羞成怒，于1940年11月19日親自下令將黃逸光與黃征夫逮捕。1940年12月17日上午8時，黃逸光與邵明賢一道，在南京雨花臺刑場被槍殺。由于黃逸光是知名的大力士，因而在此案發生時，南京社會上傳聞，黃逸光的暗殺手法是準備在汪精衛單獨接見時徒手將汪掐死。這一不太準確的消息卻讓南京市民津津樂道了很長時間。

　　潛伏到抗戰勝利的程彭小組

　　1939年底，軍統派遣到偽滿洲國工作的高級特工人員程克祥、彭壽、彭盛木等人在途經上海時，接到密令，要他們打入汪偽集團從事秘密工作。程克祥等人通過上海幫會首領徐朗西的關系，投到周佛海、羅君強的門下。1940年3月30日汪偽政府在南京成立后，程克祥在羅君強任委員長的偽邊疆委員會內任藏事處處長，彭壽則任該委員會的秘書。后來程克祥轉任偽社會運動指導委員會的總務處處長，彭壽任偽財政委員會的常務委員。彭盛木則因精通日語，在偽財政部任參事，兼任周佛海的日語翻澤。他們利用其職務，結交汪偽政府軍政官員，獲取各種情報，傳遞給重慶軍統。重慶軍統內稱程克祥等人為程彭小組。

　　1942年1月初，程彭小組的身份被汪偽特工偵破。程克祥等3人在嚴刑拷打下被迫承認了自己的真實身份。周佛海出于自身利益考慮，讓人保釋程克祥等3人，并恢復了他們的原來職務。彭盛木在獲釋后不久即死去，有說是受刑傷重死去，也有說是被日本特務機關派人毒死。程克祥、彭壽則被周佛海安排到上海工作。周佛海利用程克祥、彭壽的軍統身份，與重慶軍統戴笠建立了直接聯系，以為自己留條后路。

　　1942年10月底，程克祥奉周佛海指示，攜周佛海的親筆信回到重慶，向戴笠報告了周佛海希望建立秘密電訊聯系的要求。1943年5月3日程克祥攜帶戴笠的信回到南京，對周佛海進行勸導，希望他“戴罪立功”，并挑撥其與汪精衛的關系，分化汪偽政權。軍統還派遣督察室上校科長周鎬、報務員陳士達、譯電員李連青，攜帶一架電臺，隨程克祥一同來到南京。陳士達、李連青由周佛海掩護，在南京架設起秘密電臺，專門為周佛海聯絡重慶。

　　程克祥、彭壽在上海依靠周佛海的掩護，很快成立軍統“京滬區”，程克祥任區長，彭壽為副區長，指揮上海、南京以及蘇南地區軍統潛伏人員。1944年，他們曾將日軍發動湘、粵、桂作戰的情報報告給重慶，其情報工作一直進行到抗戰勝利。

　　軍統的“爆炸暗殺”

　　抗戰期間，國民黨軍統特務還對汪偽首腦實施了多起“爆炸暗殺”。1941年3月，軍統派遣“忠義救國軍”南京行動總隊的處長兼督察室主任王愈、行動員朱培生潛入南京。二人乘日偽當局要員出面活動之時，在南京大戲院、麗都花園投擲炸彈，炸死、炸傷漢奸多人，使得日偽要員心驚膽戰，多時不敢到公開場合活動。1943年1月，強一虎潛入南京。在1943年1月14日汪偽國民黨在南京召開六屆四中全會的開幕式當天，強一虎在南京市中心夫子廟貢院東街新亞舞廳汪偽特工的情報據點內制造了一起爆炸案，炸死一名汪偽特務，造成很大的影響。